Sebagai lembaga yang memiliki tugas dan tanggung jawab yang besar dan menyiapkan dan menghasilkan calon pendidik PIAUD, Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, UIN Sunan Kalijaga menjalin kerjasama dengan lembaga-lembaga yang menyelenggarakan atau terkait pendidikan anak usia dini. Lembaga-lembaga ini kemudian disebut sebagai lembaga mitra. Upaya ini merupakan sebuah keniscayaan bagi program studi karena kesadaran dan kenyataan bahwa program studi tidak akan mampu selamanya mengemban tugas dan tanggung jawab tersebut tanpa bantuan dan kerjasama dengan pihak lain. Tujuannya adalah untuk membantu menyiapkan calong pendidik PIAUD.

Secara umum ada dua macam lembaga mitra yang digandeng program studi, yaitu lembaga mitra penyelenggara PIAUD, seperti RA/TK, dan lembaga mitra lainnya, seperti produsen APE dan lembaga training. Lembaga penyelenggara PIAUD sangat penting dalam upaya penyiapan calon pendidik. Mahasiswa dapat melakukan observasi pembelajaran, penelitian, dan melakukan praktik pembelajaran.